Ernestina Godoy será la encargada de despacho de la Fiscalía General de la República tras la renuncia de Alejandro Gertz Manero, pero primero asumirá la titularidad de la Fiscalía Especializada de Control Competencial. La ley orgánica de la FGR, dice que la titular de la FECOC deberá ser encargada de despacho tras la renuncia del titular de la FGR.
Ernestina Godoy fue propuesta por Gertz Manero para ser titular de la Fiscalía de Control, antes de enviar su carta de renuncia a la Presidencia de la República y al Senado, que espera la terna de los 10 candidatos que aspiraran a la titularidad de la FGR. La designación de Godoy no la limita para ser parte de la terna para a sustituir a Gertz Manero.